RIS3 ieviešanas progresa un ieguldītā finansējuma efektivitātes izvērtēšanai kopš 2016. gada ir ieviesta RIS3 monitoringa sistēma. RIS3 monitoringa mērķis ir izvērtēt ekonomiskās transformācijas progresu konkrētā laika periodā atbilstoši definētajiem sasniedzamo mērķu un rezultātu rādītājiem. RIS3 monitoringa ietvaros veiktie datu analīzes rezultāti un secinājumi veidos pamatu jauna RIS3 izstrādei un atbilstošu, savstarpēji integrētu nacionālo rīcībpolitiku un politikas instrumentu arhitektūras veidošanai.