Zinātniskās institūcijas ir zinātniskie institūti, augstskolas, komercsabiedrības, kā arī citas institūcijas, kuru statūtos, nolikumā vai satversmē ir paredzēta zinātniskā darbība, piedalīšanās zinātniskās kvalifikācijas iegūšanas un pilnveidošanas procesā un kuras ir reģistrētas zinātnisko institūciju reģistrā. 2020. gadā Latvijā reģistrētas 64 zinātniskās institūcijas, no kurām 21 ir valsts budžeta finansēta zinātniskā institūcija.

Informācija par Latvijas zinātniskajām institūcijām, pētniekiem, pētniecības infrastruktūru, projektiem un pētījumu rezultātiem ir apkopota Latvijas Nacionālā zinātniskās darbības informācijas sistēmā (NZDIS).  Vienlaikus NZDIS tiek veidota kā platforma projektu pieteikumu un ziņojumu iesniegšanai, izvērtēšanai un apstiprināšanai.

NZDIS apkoptie dati tiek izmantoti zinātnes politikas plānošanā, zinātnei piešķiramā finansējuma aprēķināšanai, sabiedrības informēšanai par publiskā finansējuma izlietojumu un zinātniskās darbības rezultātiem, tādējādi nodrošinot atvērtās zinātnes pieejas īstenošanu. 

 Valsts budžeta finansētās zinātniskās institūcijas (pēc saņemtā finansējuma apmēra):

Latvijas Universitāte

Rīgas Tehniskā universitāte

Latvijas Organiskās sintēzes institūts

Rīgas Stradiņa universitāte

Daugavpils Universitāte

Latvijas Universitātes Cietvielu fizikas institūts

Latvijas Valsts Mežzinātnes institūts "Silava"

Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs

Latvijas Lauksaimniecības universitāte

Latvijas Valsts koksnes ķīmijas institūts

Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts

Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskais institūts "BIOR"

Agroresursu un ekonomikas institūts

Elektronikas un datorzinātņu institūts

Ventspils Augstskola

Dārzkopības institūts

Liepājas Universitāte

Rēzeknes Tehnoloģiju akadēmija

Vidzemes Augstskola

Latvijas Mākslas akadēmija

Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmija

Latvijas Jūras akadēmija