Zinātniskās institūcijas ir zinātniskie institūti, augstskolas, komercsabiedrības, kā arī citas institūcijas, kuru statūtos, nolikumā vai satversmē ir paredzēta zinātniskā darbība, piedalīšanās zinātniskās kvalifikācijas iegūšanas un pilnveidošanas procesā un kuras ir reģistrētas zinātnisko institūciju reģistrā. 2020. gadā Latvijā reģistrētas 64 zinātniskās institūcijas, no kurām 22 ir valsts budžeta finansēta zinātniskās institūcijas.

Informācija par Latvijas zinātniskajām institūcijām, pētniekiem, pētniecības infrastruktūru, projektiem un pētījumu rezultātiem ir apkopota Latvijas Nacionālā zinātniskās darbības informācijas sistēmā (NZDIS).  Vienlaikus NZDIS tiek veidota kā platforma projektu pieteikumu un ziņojumu iesniegšanai, izvērtēšanai un apstiprināšanai.

NZDIS apkoptie dati tiek izmantoti zinātnes politikas plānošanā, zinātnei piešķiramā finansējuma aprēķināšanai, sabiedrības informēšanai par publiskā finansējuma izlietojumu un zinātniskās darbības rezultātiem, tādējādi nodrošinot atvērtās zinātnes pieejas īstenošanu. 

Valsts budžeta finansētās zinātniskās institūcijas (pēc piešķirtā finansējuma apmēra 2021.g.):

Latvijas Universitāte (kopā ar aģentūru “Latvijas Universitātes Literatūras, folkloras un mākslas institūts”)

Rīgas Tehniskā universitāte

Rīgas Stradiņa universitāte

Latvijas Organiskās sintēzes institūts

Latvijas Lauksaimniecības universitāte

Daugavpils Universitāte (kopā ar aģentūru “Latvijas Hidroekoloģijas institūts”)

Latvijas Universitātes Cietvielu fizikas institūts

Latvijas Valsts Mežzinātnes institūts "Silava"

Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs

Latvijas Valsts koksnes ķīmijas institūts

Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskais institūts "BIOR"

Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts

Agroresursu un ekonomikas institūts

Elektronikas un datorzinātņu institūts

Ventspils Augstskola

Liepājas Universitāte

Dārzkopības institūts

Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmija

Vidzemes Augstskola

Rēzeknes Tehnoloģiju akadēmija

Latvijas Kultūras akadēmija

Latvijas Mākslas akadēmija